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Le coronavirus était-il vraiment en Europe en mars 2019?

Cet article de (NOM DE L'AUTEUR (S)) est republié ici avec la permission de The Conversation. Ce contenu est partagé ici car le sujet peut intéresser les lecteurs de Snopes; il ne représente cependant pas le travail des vérificateurs des faits ou des éditeurs de Snopes.


Le nouveau coronavirus – SARS-CoV-2 – est peut-être en Europe depuis plus longtemps qu'on ne le pensait. Des études récentes ont suggéré qu'il circulait en Italie dès décembre 2019. Plus surprenant, des chercheurs de l'Université de Barcelone ont trouvé des traces du virus lors d'analyses d'échantillons d'eaux usées non traitées en date du 12 mars 2019.

L'étude a été récemment publiée sur un serveur de préimpression, medRxiv. Le document fait actuellement l'objet d'un examen critique par des experts externes en vue de sa publication dans une revue scientifique. Cependant, jusqu'à ce que ce processus d'examen par les pairs soit terminé, les preuves doivent être traitées avec prudence.

Alors, comment l'expérience a-t-elle été menée et qu'est-ce que les scientifiques ont trouvé exactement?

L'une des premières découvertes concernant le SRAS-CoV-2 est qu'il se trouve dans les fèces des personnes infectées. Au fur et à mesure que le virus pénètre dans l'intestin – où il peut provoquer des symptômes gastro-intestinaux – il perd sa couche protéique externe, mais des morceaux de matériel génétique appelé ARN survivent intacts au voyage et sont «excrétés» dans les fèces. À ce stade, il n'est plus contagieux – pour autant que les preuves actuelles nous le disent.

Mais le fait que ces fragments d'ARN de coronavirus se trouvent dans les eaux usées non traitées (appelées «influents») est utile pour suivre les épidémies. En effet, ils peuvent prédire où une épidémie est susceptible de se produire une semaine à dix jours avant qu'ils n'apparaissent dans les chiffres officiels – la raison étant que les gens perdent le coronavirus avant que les symptômes ne deviennent évidents. Ces personnes «pré-symptomatiques» doivent alors tomber suffisamment malades pour être testées, obtenir les résultats et être admises à l'hôpital en tant que «cas» officiel, d'où le décalage d'une semaine environ.

En conséquence, de nombreux pays, dont l'Espagne, surveillent désormais les eaux usées à la recherche de traces de coronavirus. Dans cette étude particulière, les épidémiologistes des eaux usées examinaient des échantillons congelés d'influents entre janvier 2018 et décembre 2019 pour voir quand le virus a fait ses débuts dans la ville.

Des experts du monde entier surveillent les eaux usées à la recherche de signes de coronavirus.
arhendrix / Shutterstock.com

Ils ont trouvé des preuves du virus le 15 janvier 2020, 41 jours avant la déclaration du premier cas officiel le 25 février 2020. Tous les échantillons avant cette date étaient négatifs, à l'exception d'un échantillon du 12 mars 2019, qui donnait un résultat positif. entraîner leur test de PCR pour le coronavirus. La PCR est le moyen standard de tester pour voir si quelqu'un a actuellement la maladie.

La PCR consiste à obtenir des échantillons de salive, de mucus, d'eaux usées gelées ou de tout autre élément dans lequel le virus se cache, à éliminer toutes les choses inutiles de l'échantillon, puis à convertir l'ARN – qui est un seul brin de matériel génétique – en ADN ( la fameuse hélice double brin). L'ADN est ensuite «amplifié» au cours de cycles successifs jusqu'à ce que des éléments clés de matériel génétique qui n'existent que dans un virus particulier soient suffisamment nombreux pour être détectés avec une sonde fluorescente.

Pas très spécifique

Dans les tests de coronavirus, les scientifiques recherchent généralement plus d'un gène. Dans ce cas, les chercheurs en ont testé trois. Ils ont eu un résultat positif pour l'échantillon de mars 2019 dans l'un des trois gènes testés – le gène RdRp. Ils ont criblé deux régions de ce gène et les deux n'ont été détectés que vers le 39e cycle d'amplification. (Les tests PCR deviennent moins «spécifiques» avec l'augmentation des cycles d'amplification. Les scientifiques utilisent généralement 40 à 45 cycles d'amplification.)

Il y a plusieurs explications à ce résultat positif. La première est que le SRAS-CoV-2 est présent dans les eaux usées à un niveau très bas. Un autre est que la réaction d'essai a été accidentellement contaminée par le SRAS-CoV-2 en laboratoire. Cela se produit parfois dans les laboratoires car des échantillons positifs sont régulièrement manipulés, et il peut être difficile d'empêcher de très petites traces d'échantillon positif de contaminer les autres.

Une autre explication est qu'il y a un autre ARN ou ADN dans l'échantillon qui ressemble suffisamment au site cible du test pour qu'il donne un résultat positif au 39e cycle d'amplification.

D'autres tests doivent être effectués pour conclure que l'échantillon contient le SRAS-CoV-2, et une découverte de cette ampleur devrait être reproduite séparément par des laboratoires indépendants.

Raisons d'être circonspect

Une chose curieuse à propos de cette découverte est qu'elle n'est pas d'accord avec les données épidémiologiques sur le virus. Les auteurs ne citent pas de rapports sur une augmentation du nombre de cas de maladies respiratoires dans la population locale après la date de l'échantillonnage.

De plus, nous savons que le SRAS-CoV-2 est hautement transmissible, au moins sous sa forme actuelle. Si ce résultat est vraiment positif, il suggère que le virus était présent dans la population à une incidence suffisamment élevée pour être détecté dans un échantillon de 800 ml d'eaux usées, mais qu'il n'était pas alors présent à une incidence suffisamment élevée pour être détecté pendant neuf mois, quand aucun contrôle des mesures étaient en place.

Donc, jusqu'à ce que d'autres études soient menées, il est préférable de ne pas tirer de conclusions définitives.La conversation


Claire Crossan, chargée de recherche, virologie, Université calédonienne de Glasgow

Cet article est republié de The Conversation sous une licence Creative Commons. Lisez l'article original.

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